Türk Silahlı Kuvvetleri'ne bağlı okullarda ve polis akademisinden ilişikleri kesilen öğrencilerin af yasasına konulan geçici madde ile başta ODTÜ, İTÜ ve Boğaziçi Üniversiteleri'nin endüstri ve gemi mühendislikleri bölümlerine yerleştirilmesine tepkiler dinmek bilmiyor.YÖK Başkanı Yusuf Ziya Özcan, "Kanuna göre üniversitelerin itirazı olamaz onlara sormama gerek yok" derken, üniversiteler tam tersi görüşte.

Bir üniversite rektörü "Türkiye'de aflarla eğitimin kalitesi zaten düşürülürken, bir de bambaşka bir sistemde başarısız olmuş öğrencileri Türkiye'nin en kalburüstü üniversitelerine yerleştirmek sistemi alt üst etmektir ve haksızlıktır" diye tepkisini dile getiriyor.

ODTÜ eski rektörü Prof. Dr. Ural Akbulut'a göre üniversitelere danışmadan uygulamanın yapılması "diktatörlüklere yakışacak bir işlem." ODTÜ'nün Endüstri Mühendisliği'ne 18 askeri ve polis okullarından atılan öğrenci yerleştirildiğini anlatan Akbulut, "Bu bölüm, Türkiye'de ilk bin-10 bin 1'den öğrenci alır. Siz bunları kimseye sormadan, danışmadan yerleştiriyorsunuz. Bu her yıl sınava giren 1.5 milyon öğrenciye yapılmış en büyük haksızlıktır" diyor.

1995 yılına kadar geri çekilen af yasasından yararlanmak için başvuran TSK ve polis akademilerinden atılan 800 kişiden 627'sinin başvurusu kabul edilerek, sistem mühendisliğinden gelenler endüstri, Deniz Harp Okulu'ndan atılanlar gemi makine mühendisliklerine yerleşti. Eğer YÖK'ün hazırladığı yatay geçiş taslağındaki "3 yıl içinde bu okullardan ilişiği kesilenler başvuruda bulunursa yatay geçiş için başvurmuş gibi işlem görecekler" maddesi yasalaşınca afla getirilen bu uygulama bu okullardan atılanlar için kalıcı kılınmış olacak.